133759
エントリー 公開中
on 2017-9-20
00:00 UTC / 09:00 JST
Summary Structural Experimental Function Sequence Neighbor Download Link

Mine: 3oduThe 2.5 A structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with small molecule antagonist IT1t

関連構造のPDB ID3oe0, 3oe6, 3oe8, 3oe9
分子名称C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera, (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate, (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate,... (5 entities in total)
キーワードStructural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure, ATCG3D, 7TM, G protein-coupled receptor, GPCR, Signal transduction, Hydrolase, Cancer, HIV-1 co-receptor, chemokine, CXCL12, SDF1, isothiourea, Chimera, T4L Fusion, Membrane protein, Transmembrane, SINGNALING PROTEIN, PSI-Biology, GPCR Network, SIGNALING PROTEIN
SIGNALING PROTEIN, HYDROLASE
由来する生物種Homo Sapiens
細胞内の位置 [UNP - P61073] Cell membrane; Multi-pass membrane protein
由来する組織 [UNP - P61073] Lung
[UNP - P61073] Fetal brain
[UNP - P61073] Fetal spleen
[UNP - P61073] Monocyte
[UNP - P61073] Peripheral blood leukocyte
[UNP - P61073] Peripheral blood lymphocyte
[UNP - P61073] Neutrophil
[UNP - P61073] Adrenal gland
[UNP - P61073] Colon
[UNP - P61073] Cervix carcinoma
ポリマー鎖の合計数2
分子量の合計118216.5 (詳細は 構造情報のページ)
著者Wu, B. , Mol, C.D. , Han, G.W. , Katritch, V. , Chien, E.Y.T. , Liu, W. , Cherezov, V. , Stevens, R.C. , Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D) , GPCR Network (GPCR) (登録日 : 2010-08-11, 公開日 : 2010-10-27, 最終更新日 : 2017-07-26)
主引用文献Wu, B. , Chien, E.Y. , Mol, C.D. , Fenalti, G. , Liu, W. , Katritch, V. , Abagyan, R. , Brooun, A. , Wells, P. , Bi, F.C. , Hamel, D.J. , Kuhn, P. , Handel, T.M. , Cherezov, V. , Stevens, R.C.
Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
Science, 330:1066 - 1071, 2010.
PubMed : 20929726 (主引用文献が同じPDBエントリー) , DOI: 10.1126/science.1194396
実験手法X-RAY DIFFRACTION ( 2.50[Å] )
他のデータベース情報
万見(Yorodumi) , CATH , FSSP , SCOP , VAST , UniProt ( P61073, P00720 ) , eF-site , KEGG ( EC 3.2.1.17 ) , PISA , wwPDB/RDF , Pfam ( PF00001 , PF00959 , PF12109 )
検証レポート3odu_svg.jpg
<非対称単位>
= <生物学的単位>
3odu.png
他の静止画像を見る *1
3次元構造ビューア
( jV4 / Jmol ) *2 , JSmol で見る
ダウンロード
PDB形式
FASTA形式の配列情報
PDBx/mmCIF形式
(他のファイル形式 ...)


*1) 静止画像は、'Molmil'を使って作成しています。'Molmil'の表面構造(coarse surface)は、UCSF Chimeraのマルチスケールモデルを参考にしています。
     Software extensions to UCSF chimera for interactive visualization of large molecular assemblies.
     Goddard, T.D. et al., Structure 13: 473-482 (2005) [doi:10.1016/j.str.2005.01.006]

        


Copyright © 2007 日本蛋白質構造データバンク