137043
エントリー 公開中
on 2018-1-17
00:00 UTC / 09:00 JST
Summary Structural Experimental Function Sequence Neighbor History Download Link

Mine: 3vi3Crystal structure of alpha5beta1 integrin headpiece (ligand-free form)

関連構造のPDB ID3vi4
分子名称Integrin alpha-5, Integrin beta-1, SG/19 Fab fragment (Light chain),... (9 entities in total)
キーワードbeta propeller fold, Rossmann fold, beta sandwich, Fibronectin receptor, CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM complex
CELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM
由来する生物種Homo sapiens (human) ,Mus musculus (mouse) (詳細は 構造情報のページ)
細胞内の位置 [UNP - P08648] Membrane; Single-pass type I membrane protein
[UNP - P05556] Cell membrane ; Single-pass type I membrane protein . Isoform 5: Cell membrane, sarcolemma
由来する組織 [UNP - P08648] Placenta
[UNP - P08648] Liver
[UNP - P08648] Leukemic T-cell
[UNP - P08648] Cervix carcinoma
[UNP - P05556] Endometrium
[UNP - P05556] Skin
[UNP - P05556] Skeletal muscle
[UNP - P05556] Heart
[UNP - P05556] Plasma
[UNP - P05556] Melanoma
ポリマー鎖の合計数8
分子量の合計339064 (詳細は 構造情報のページ)
著者Nagae, M. , Nogi, T. , Takagi, J. (登録日 : 2011-09-21, 公開日 : 2012-02-22, 最終更新日 : 2017-11-22)
主引用文献Nagae, M. , Re, S. , Mihara, E. , Nogi, T. , Sugita, Y. , Takagi, J.
Crystal structure of alpha5beta1 integrin ectodomain: Atomic details of the fibronectin receptor
J.Cell Biol., 197:131 - 140, 2012.
PubMed : 22451694 (主引用文献が同じPDBエントリー) , DOI: 10.1083/jcb.201111077
実験手法X-RAY DIFFRACTION ( 2.90[Å] )
他のデータベース情報
万見(Yorodumi) , CATH , FSSP , SCOP , VAST , UniProt ( P08648, P05556 ) , eF-site , PISA , wwPDB/RDF , Pfam ( PF01839 , PF00362 , PF17205 )
検証レポート3vi3_svg.jpg
<非対称単位>
3vi3.png
他の静止画像を見る *1
3次元構造ビューア
( jV4 / Jmol ) *2 , JSmol で見る

<生物学的単位>
3vi3_BU.png
他の静止画像を見る *1
3次元構造ビューア
( Molmil ) *3 で見る
ダウンロード
PDB形式
FASTA形式の配列情報
PDBx/mmCIF形式
(他のファイル形式 ...)


*1) 静止画像は、'Molmil'を使って作成しています。'Molmil'の表面構造(coarse surface)は、UCSF Chimeraのマルチスケールモデルを参考にしています。
     Software extensions to UCSF chimera for interactive visualization of large molecular assemblies.
     Goddard, T.D. et al., Structure 13: 473-482 (2005) [doi:10.1016/j.str.2005.01.006]
*3) 'Molmil' は、PDBjが開発した新しい高性能な分子ビューアで、最新のウェブテクノロジーを使用して、最適な組み込みやユーザ体験を提供します。

        


Copyright © 2007 日本蛋白質構造データバンク